Corría el año 1688 cuando la costa chilena fue afectada por un fuerte sismo y numerosas salidas de mar. Valparaíso sufrió las consecuencias de un terremoto que aterró a tal punto a su población, que muchos corrieron a refugiarse en la Iglesia Matriz de Jesucristo El Salvador, única de la entonces minúscula caleta.
El mar estaba subiendo y avanzaba furioso por la ciudad, amenazando subir las últimas gradas de la Iglesia donde los damnificados rezaban bajo la dirección del Cura Velásquez de Covarrubias. Ante el inminente avance de las salobres aguas, los feligreses solicitaron al Cura bajar el inmenso Crucifijo del Cristo Moribundo desde el altar en donde se le veneraba, a lo que Velásquez de Covarrubias accedió.
Cuando los feligreses bajaron el Crucifijo tallado en madera, sin dejar de rezar, acudieron con él hasta la puerta de la nave central. Al ser depositado sobre las losas del atrio de la Iglesia, comprobaron, asombrados, que las encrespadas aguas, que danzaban amenazantes a sus pies, comenzaban de inmediato a apaciguarse, a aquietarse poco a poco, a retirarse lenta pero seguramente, tornando a su cauce normal, a su nivel habitual.
El milagro se había producido transformando a la imagen del Cristo en una de las más veneradas de Valparaíso y admirada como la más bella obra de arte que poseyera cualquier Iglesia chilena.
Sin embargo, cuando sucedió el acontecimiento, la capilla se llamaba: "Iglesia de Nuestra Señora de las Mercedes de Puerto Claro", nombre que sustentaba desde tiempos coloniales en honor a la "Patrona de Valparaíso". Sólo desde el 6 de Septiembre de 1868, y gracias a un novedoso y desacostumbrado plebiscito popular, la Iglesia pasó a llamarse "Iglesia Matriz de Jesucristo El Salvador".
Este milagroso Cristo Crucificado, tallado por un escultor japonés, en casi sus 350 años de existencia no ha sufrido ningún deterioro natural, en su pintura, por humedad, polilla o tiempo.


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